Ștefan là một thành viên của nhà Mușat. Cha ông Bogdan II đã cai trị Moldavia trong hai năm (1449 đến 1451) trước khi bị giết trong một cuộc ám sát do người chú của Ștefan, Petru Aron cầm đầu. Bogdan II định tham dự hôn lễ một boyar của mình-người rõ ràng đã cấu kết với Petru Aron. Ștefan thoát chết, nhưng cha ông bị bắt và bị Petru Aron chặt đầu tại chỗ. Trong khoảng năm 1451 đến 1457, Moldavia rơi vào hỗn loạn vì cuộc nội chiến giữa Petru Aron và Alexăndrel-một người cháu của Alexandru cel Bun.

Sau khi cuộc chiến tranh giành ngôi vị nổ ra, Ștefan đến lánh nạn tại Transilvania, cố tìm kiếm sự bảo vệ của tướng quân John Hunyadi. Sau đó, ông đến lâu đài của Vlad III Ţepeş (tức Vlad Dracula một người anh em họ của Ștefan), và vào năm 1457, dùng 6000 kỵ binh nhận được từ Vlad III Ţepeş, ông đã đánh bại Petru Aron tại Doliesli, gần Roman (thuộc Moldavia). Sau khi thua một trận khác tại Orbic, Petru Aron bỏ trốn sang Ba Lan. Trong khi Ștefan đã lên ngôi vương công của xứ Moldavia. Hai năm sau, ông bất ngờ tấn công vào Ba Lan để truy lùng Aron, nhưng vấp phải sự kháng cự. Thay vào đó, một hiệp ước đã được ký giữa Moldavia với Ba Lan, qua hiệp ước đó Stefan công nhân vua Kazimierz IV Jagiellon là bá chủ, trong khi Aron bị cấm xâm nhập vào Moldavia.